Les collections non exposées du Musée de Zoologie sont considérables et concernent tous les groupes zoologiques, dont les représentants sont conservés à sec ou sous fluide (alcool ou formol), naturalisés ou sous forme de squelettes.
En nombre de spécimens, la prépondérance va aux oiseaux, reptiles, poissons, mollusques, insectes, crustacés et autres invertébrés. A cela viennent s'ajouter les collections de préparations microscopiques de vertébrés ou d'invertébrés.
Tout ce matériel constitue matière à recherche scientifique pour les systématiciens et les faunisticiens.