Squelette d'anaconda
Les Vertébrés - caractérisés par la présence d’un squelette osseux ou cartilagineux interne - sont classés en poissons, amphibiens, reptiles, oiseaux et mammifères. Une salle entière est réservée aux Mammifères.
Les 101 vitrines de la salle des Vertébrés non-mammifères suffisent à peine pour traduire la diversité des ordres et des familles de poissons, d'amphibiens, de reptiles et d'oiseaux. Le visiteur est invité à suivre les vitrines selon leur numérotation (coin supérieur droit du fond de chaque armoire) s'il veut suivre l'ordre systématique.
Notons que deux vitrines sont consacrées aux Prochordés, systématiquement intermédiaires entre les invertébrés et les vertébrés : les Urochordés ou Tuniciers, et les Céphalochordés (Amphioxus).